Le bâtiment du CEISAM s'implante sur le campus Michelet de la Faculté des Sciences de Nantes. C'est un bâtiment compact, percé de deux grands patios, orienté majoritairemt Nord-Sud. Le choix d'implantation permet de respecter l'espace boisé présent au Nord-Ouest de la parcelle. L'objectif énergétique est celui d'un bâtiment de niveau BBC. Ce niveau est atteint par les moyens suivants:
La conception environnementale du bâtiment ne se limite pas aux choix énergétiques. Le confort d'été est recherché de manière passive par les choix d'orientation, d'inertie (isolation par l'extérieur, structure béton, absence de faux-plafonds dans les bureaux et faux-plafonds partiels dans les laboratoires...), de protections solaires extérieures et par la mise en place de grilles aluminium laqué perforé qui facilitent la ventilation nocturne. Des économies d'eau importantes sont réalisées par l'utilisation d'équipements économes et la réutilisation des eaux de pluie pour les chasses d'eau et l'arrosage.